Hay firmado un convenio entre la ETSIN y NAVANTIA S.A. para la colaboración científica y técnica. Dicha colaboración se efectúa en aquellos proyectos de investigación que desarrolle NAVANTIA y que requiera la colaboración de la ETSIN, constituyéndose entre ambas equipos científicos y técnicos.
Cada proyecto de investigación en los que las dos entidades colaboren, serán anexos al convenio entre la ETSIN y NAVANTIA, y en ellos se especificarán los planes de trabajo, fases, presupuesto, aportación de recursos, designación de responsables de cada entidad, condiciones particulares y cualquier otro aspecto que se considere relevante.
Existen comisiones para la coordinación y el seguimiento del convenio firmado.
A su vez, NAVANTIA promociona la investigación en la ETSIN, por medio de la dotación de becas a alumnos destacados de los últimos años y además dota el Premio a la Innovación NAVANTIA, dirigido a alumnos incluidos en el Aula NAVANTIA.