Observatorio de I+D+i UPM

Memorias de investigación
Artículos en revistas:
Quantitative evaluation of bias in PCR amplification and next-generation sequencing derived from metabarcoding samples
Año:2015
Áreas de investigación
  • Ciencias naturales y ciencias de la salud
Datos
Descripción
Unbiased identification of organisms by PCR reactions using universal primers followed by DNA sequencing assumes positive amplification. We used six universal loci spanning 48 plant species and quantified the bias at each step of the identification process from end point PCR to next-generation sequencing. End point amplification was significantly different for single loci and between species. Quantitative PCR revealed that Cq threshold for various loci, even within a single DNA extraction, showed 2,000- fold differences in DNA quantity after amplification. Nextgeneration sequencing (NGS) experiments in nine species showed significant biases towards species and specific loci using adaptor-specific primers. NGS sequencing bias may be predicted to some extent by the Cq values of qPCR amplification
Internacional
Si
JCR del ISI
Si
Título de la revista
Analytical And Bioanalytical Chemistry
ISSN
1618-2642
Factor de impacto JCR
3,578
Información de impacto
Volumen
407
DOI
Número de revista
Desde la página
1841
Hasta la página
1848
Mes
SIN MES
Ranking
Esta actividad pertenece a memorias de investigación
Participantes
  • Autor: Marta Pawluczyk (Universidad Politécnica de Cartagena)
  • Autor: Julia Weiss (Universidad Politécnica de Cartagena)
  • Autor: Matthew G. Links (University of Saskatchewan)
  • Autor: Mikel Egaña Aranguren (UPM)
  • Autor: Mark Denis Wilkinson (UPM)
  • Autor: Marcos Egea-Cortines (Universidad Politécnica de Cartagena)
Grupos de investigación, Departamentos, Centros e Institutos de I+D+i relacionados
  • Creador: Grupo de Investigación: BIOLOGÍA MOLECULAR Y COMPUTACIONAL
  • Centro o Instituto I+D+i: Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas, CBGP
  • Departamento: Biotecnología - Biología Vegetal
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