Observatorio de I+D+i UPM

Memorias de investigación
Artículos en revistas:
Enhanced reproducibility of SADI web service workflows with Galaxy and Docker
Año:2015
Áreas de investigación
  • Ciencias naturales y ciencias de la salud,
  • Ciencias de la computación y tecnología informática
Datos
Descripción
Background: Semantic Web technologies have been widely applied in the life sciences, for example by data providers such as OpenLifeData and through web services frameworks such as SADI. The recently reported OpenLifeData2SADI project offers access to the vast OpenLifeData data store through SADI services. Findings: This article describes how to merge data retrieved from OpenLifeData2SADI with other SADI services using the Galaxy bioinformatics analysis platform, thus making this semantic data more amenable to complex analyses. This is demonstrated using a working example, which is made distributable and reproducible through a Docker image that includes SADI tools, along with the data and workflows that constitute the demonstration. Conclusions: The combination of Galaxy and Docker offers a solution for faithfully reproducing and sharing complex data retrieval and analysis workflows based on the SADI Semantic web service design patterns.
Internacional
Si
JCR del ISI
No
Título de la revista
GigaScience
ISSN
2047-217X
Factor de impacto JCR
Información de impacto
Volumen
4
DOI
10.1186/s13742-015-0092-3
Número de revista
Desde la página
1
Hasta la página
9
Mes
DICIEMBRE
Ranking
indice de impacto a determinar en Junio de 2016
Esta actividad pertenece a memorias de investigación
Participantes
  • Autor: Mikel Engaña Aranguren (UPM. Eurohelp Consulting)
  • Autor: Mark Denis Wilkinson (UPM)
Grupos de investigación, Departamentos, Centros e Institutos de I+D+i relacionados
  • Creador: Centro o Instituto I+D+i: Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas, CBGP
S2i 2022 Observatorio de investigación @ UPM con la colaboración del Consejo Social UPM
Cofinanciación del MINECO en el marco del Programa INNCIDE 2011 (OTR-2011-0236)
Cofinanciación del MINECO en el marco del Programa INNPACTO (IPT-020000-2010-22)