Observatorio de I+D+i UPM

Memorias de investigación
Ponencias en congresos:
16S rDNA amplicon sequencing data analysis in Galaxy.?
Año:2015
Áreas de investigación
  • Ciencias naturales y ciencias de la salud
Datos
Descripción
Most biologists can easily access NGS technologies and data in order to characterize the microbial diversity of a sample with 16S rDNA amplicon sequencing. However, the output of this kind of experiment can be challenging to handle. We assessed the different options to address 16S rDNA amplicon data analysis in Galaxy, and will highlight the benefits and drawbacks of the existing solutions. Indeed, even if the bioinformatics community now provides numerous tools allowing treatment of this sort of data, determining which software best fits the user?s needs is not trivial. The choice of the software and the algorithms one should use is important, as it will impact the output of the experiment and relies on the characteristics of the data and the user experience. Here we present the different existing solutions to analyze 16S rDNA amplicon sequencing data inside Galaxy.
Internacional
Si
Nombre congreso
2015 Galaxy Community Conference (GCC2015)
Tipo de participación
970
Lugar del congreso
Norwick (Reino Unido)
Revisores
Si
ISBN o ISSN
0000000000
DOI
Fecha inicio congreso
06/07/2015
Fecha fin congreso
08/07/2015
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Título de las actas
2015 Galaxy Community Conference (GCC2015)
Esta actividad pertenece a memorias de investigación
Participantes
  • Autor: Loic Bourgeois (UPM)
  • Autor: Amalia Soenens Martínez de Murguia (UPM)
  • Autor: Nuria Lozano Garcia (UPM)
  • Autor: Juan Imperial Ródenas (UPM)
Grupos de investigación, Departamentos, Centros e Institutos de I+D+i relacionados
  • Creador: Grupo de Investigación: BIOLOGÍA MOLECULAR Y COMPUTACIONAL
  • Centro o Instituto I+D+i: Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas, CBGP
  • Departamento: Lenguajes y Sistemas Informáticos e Ingeniería de Software
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