Observatorio de I+D+i UPM
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RESEARCHERS
RDI STRUCTURES
RESEARCH ACTIVITIES
INNOVATION
Investigador
Alfonso Vicente Rodriguez-Paton Aradas
Researcher Category
CATEDRATICO UNIVERSIDAD
UPM Centre
E.T.S. DE INGENIEROS INFORMÁTICOS
Department:
INTELIGENCIA ARTIFICIAL (N)
Research Centre/Institute
C.TECNOLÓGICO EN INTELIGENCIA ARTIFICIAL
Knowledge Area
CC. DE COMPUTACION E INTELIGENCIA ARTIFICIAL
Research Group:
Grupo de Inteligencia Artificial (LIA)
Email
alfonso.rodriguez-paton
upm.es
Phone
910672906
Research Reports
Proyectos de I+D+i y generación de recursos
46 Proyectos de I+D+i
1: (2007)
Convenio de Colaboración entre el INAP y la UPM para la impartición del Máster en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (DISTC-AD)
2: (2007)
Convenio de Colaboración entre el INAP y la UPM para la impartición del Máster en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Local (DISTIC-AL)
3: (2007)
Desarrollo de Aplicaciones de la Computación Celular con Membranas y la Computación Biomolecular
4: (2007)
Membrane Systems.
5: (2007)
Sistema Inteligente para el Análisis, Integración y Valoración Isocinética-Posturográfica de la Columna Vertebral
6: (2008)
Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM par la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (DISTIC-AD)
7: (2008)
Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM par la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (DISTIC-AD) (3º Módulo XII Master, 2º Módulo XIV Master y 1º Módulo XV Master)
8: (2008)
Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM par la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Local (DISTIC-AL) (3º Módulo VII Master, 2º Módulo IX Master y 1ª Módulo X Master
9: (2008)
Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM para la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Local (DISTIC-AL)
10: (2008)
DESARROLLO DE APLICACIONES DE LA COMPUTACIÓN CELULAR CON MEMBRANAS Y LA COMPUTACIÓN BIOMOLECULAR EN LA LA BIOLOGÍA
11: (2008)
Membrane Systems
12: (2008)
Sistema Inteligente para el Análisis, Integración y Valoración Isocinética-Posturográfica de la Columna Vertebral.
13: (2009)
COMPUTACIÓN NO CONVENCIONAL
14: (2009)
CONVENIO DE COLABORACION PARA LA IMPARTICIÓN DEL MASTER EN DIRECCIÓN DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD)(2º MODULO IX MA
15: (2009)
Convenio de Colaboración para la impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Loca
16: (2009)
DESARROLLO DE APLICACIONES DE LA COMPUTACION CELULAR CON MEMBRANAS Y LA COMPUTACION BIOMOLECULAR EN LA LA BIOLOGIA
17: (2009)
IMPARTICION DEL IX Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES PARA LA ADMINISTRACION LOCAL (DISTIC-AL) EN 2009 Y 20
18: (2009)
IMPARTICION DEL XIV Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD) EN 2009 Y 2010
19: (2009)
MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD) (3º MODULO XIII MASTER, 2º MODULO XIV MASTER Y 1º MODULO XV MAST
20: (2009)
MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES PARA LA ADMINISTRACION LOCAL (DISTIC-AL) VIII MASTER 3º MODULO, IX MASTER 2º
21: (2009)
MODELADO DE PROCESOS BIOLOGICOS CON SISTEMAS P Y DISEÑO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE COMPUTO BIOMOLECULARES
22: (2009)
REDES TEMATICAS DE INVESTIGACION COOPERATIVA EN SALUD (RETICS)
23: (2010)
IMPARTICION DEL IX Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES PARA LA ADMINISTRACION LOCAL (DISTIC-AL) EN 2009 Y 20
24: (2010)
Impartición Máster en Ingeniería del Conocimiento
25: (2010)
INPARTICION DEL XIV Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD) EN 2009 Y 2010
26: (2010)
MODELADO DE PROCESOS BIOLOGICOS CON SISTEMAS P Y DISEÑO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE COMPUTO BIOMOLECULARES
27: (2010)
Nº 248919 - BATERIAL COMPUTING WITH ENGINEERED POPULATIONS.
28: (2010)
REDES TEMATICAS DE INVESTIGACION COOPERATIVA EN SALUD (RETICS)
29: (2011)
BACTOCOM: BACTOCOM: Bacterial Computing with Engineered Populations.
30: (2011)
Máster en Dirección y Gobierno de TIC
31: (2011)
MODELADO DE PROCESOS BIOLOGICOS CON SISTEMAS P Y DISEÑO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE COMPUTO BIOMOLECULARES
32: (2013)
ENGINEERING MULTICELLULAR BIOCIRCUITS:PROGRAMMING CELL-CELL COMMUNICATION USING PASMIDS AND WIRE PLASWIRES
33: (2013)
EVOPROG
34: (2013)
EVOPROG: General-Purpose Programmable Evolution Machine on a Chip
35: (2013)
PLASWIRES: Engineering multicellular biocircuits: programming cell-cell communication using plasmids as wires
36: (2013)
PROGRAMACIO E INGENIERIA DE BIOCIRCUITOS, DISEÑO Y MODELADO IN SILICO
37: (2013)
PROGRAMACION E INGENIERIA DE BIOCIRCUITOS: DISEÑO Y MODELADO IN SILICO
38: (2014)
EVOLUTIONARY PROGRAMMABLE ANTIBIOTICS
39: (2014)
PROGRAMACIO E INGENIERIA DE BIOCIRCUITOS, DISEÑO Y MODELADO IN SILICO
40: (2015)
-: Programación e ingeniería de biocircuitos: diseño y modelado in silico
41: (2015)
EVO.PRO.BIOTICS: EVOlutionary PROgrammable antiBIOTICS
42: (2016)
-: Ingeniería de biocircuitos programables para computación analógica, multicelular y espacial
43: (2017)
PRO.BIO.MA: PROGRAMMABLE BIOLOGICAL MACHINES
44: (2018)
ENGINEERING MULTICELLULAR BIOCIRCUITS:PROGRAMMING CELL-CELL COMMUNICATION USING PASMIDS AND WIRE PLASWIRES
45: (2018)
GENERAL-PURPOSE PROGRAMMABLE EVOLUTION MACHINE ON A CHIP EVOPROG
46: (2018)
INGENIERIA MICROBIANA, SALUD Y CALIDAD DE VIDA (INGEMICS-CM)
Formación de Investigadores y Movilidad
10 Tesis Doctorales
1: (2008)
UNA TEORÍA PARA EL DESARROLLO SOFTWARE CONSTRUÍDA MEDIANTE TÉCNICAS Y MODELOS DE GESTIÓN DEL CONOCIMIENTO
2: (2009)
LA CONCIENCIA. MODELADO DE SUS FUNCIONES COGNITIVAS PARA ENTIDADES ARTIFICIALES MEDIANTE REDES NEURONALES MODULARES
3: (2012)
Oscillatory genetic circuits: new designs and mathematical models
4: (2013)
Inference models in DNA Computing
5: (2016)
Computación celular con membranas: un estudio de modelos de cómputo bioinspirados
6: (2017)
A new agent-based platform for simulating multicellular biocircuits with conjugative plasmids
7: (2017)
An end-to-end tool for automation of biological protocols
8: (2017)
Conditional plasmid conjugation as wiring for multicellular biocircuits: individual-based modeling and simulation
9: (2017)
Modeling and analyzing the kinetic of conjugative plasmids
10: (2018)
Modelling bacterial ecological strategies using an individual-based simulator
Difusión de Resultados de Investigación
56 Artículos en revistas
1: (2007)
A P System and a Constructive Membrane-Inspired DNA Algorithm for Solving the Maximum Clique Problem
2: (2007)
Crossover and Mutation Operators for Grammar-guided Genetic Programming
3: (2007)
Initialization Method for Grammar-guided Genetic Programming
4: (2007)
Membrane computing and complexity theory: A characterization of PSPACE
5: (2007)
Normal forms for spiking neural P systems
6: (2007)
Towards a lessons learned system for critical software
7: (2008)
Discrete Nondeterministic Modeling of the Fas Pathway
8: (2008)
On the power of elementary features in spiking neural P systems
9: (2008)
Towards a Robust Biocomputing Solution of Intractable Problems
10: (2009)
On the Power of Computing with Proteins on Membranes
11: (2009)
A New Model of Synthetic Genetic Oscillator Based on Trans-Acting Repressor Ribozyme
12: (2009)
Effects of HIV-1 Proteins on the Fas-Mediated Apoptotic Signaling Cascade: A Computational Study of Latent CD4+ T Cell Activation
13: (2009)
On the Hopcroft's minimization technique for DFA and DFCA
14: (2009)
Sequential SNP systems based on min/max spike numbers
15: (2009)
Spiking neural P systems: Stronger normal forms
16: (2010)
Biomolecular computing devices in Synthetic Biology
17: (2010)
Nanoinformatics and DNA-Based Computing: Catalyzing Nanomedicine
18: (2010)
Nanoinformatics and DNA-Based Computing: Catalyzing Nanomedicine
19: (2010)
Polynomial Complexity Classes in Spiking Neural P Systems
20: (2011)
A review of the nondeterministic waiting time algorithm
21: (2011)
A Simple Negative Interaction in the Positive Transcriptional Feedback of a Single Gene Is Sufficient to Produce Reliable Oscillations
22: (2011)
Biomolecular Computers
23: (2011)
ON THE POWER OF FAMILIES OF RECOGNIZER SPIKING NEURAL P SYSTEMS
24: (2011)
On the scalability of biocomputing algorithms: The case of the maximum clique problem
25: (2011)
P SYSTEMS WITH PROTEINS ON MEMBRANES: A SURVEY
26: (2011)
Simulating a Rock-Scissors-Paper Bacterial Game with a Discrete Cellular Automaton
27: (2011)
Spiking Neural P Systems with Several Types of Spikes
28: (2012)
DNA biosensors that reason
29: (2013)
P systems with proteins on membranes characterize PSPACE
30: (2013)
POLYNOMIAL TIME-BOUNDED COMPUTATIONS IN SPIKING NEURAL P SYSTEMS
31: (2013)
Probabilistic reasoning with a Bayesian DNA device based on strand displacement
32: (2013)
Probabilistic Reasoning with an Enzyme-Driven DNA Device
33: (2014)
DNA strand displacement system running logic programs
34: (2015)
An Autonomous In Vivo Dual Selection Protocol for Boolean Genetic Circuits
35: (2015)
Bacterial computing with engineered populations
36: (2015)
BactoSim - An Individual-Based Simulation Environment for Bacterial Conjugation
37: (2016)
Prediction of MicroRNA-disease Associations by Matrix Completion
38: (2016)
Sensitivity analysis of Repast computational ecology models with R/Repast
39: (2016)
Sensitivity analysis of Repast computational ecology models with R/Repast
40: (2017)
A New Improved and Extended Version of the Multicell Bacterial Simulator gro
41: (2017)
A New Improved and Extended Version of the Multicell Bacterial Simulator gro DOI: 10.1021/acssynbio.7b00003
42: (2017)
BioBlocks: Programming Protocols in Biology Made Easier
43: (2017)
BioBlocks: Programming Protocols in Biology Made Easier DOI : 10.1021/acssynbio.6b00304
44: (2017)
Directed evolution of biocircuits using conjugative plasmids and CRISPR-Cas9: design and in silico experiments
45: (2017)
Highly Biocompatible Drug-Delivery Systems Based on DNA Nanotechnology
46: (2017)
Meta-path methods for prioritizing candidate disease miRNAs
47: (2017)
Meta-path methods for prioritizing candidate disease miRNAs
48: (2017)
P Systems Simulating Bacterial Conjugation: Universality and Properties
49: (2017)
Probability-based collaborative filtering model for predicting gene-disease associations
50: (2017)
Spiking Neural P Systems with Colored Spikes Autores
51: (2017)
Theory and Application of Bio-inspired Intelligence and Methods J.UCS Special Issue
52: (2018)
A Parallel Bioinspired Framework for Numerical Calculations Using Enzymatic P System With an Enzymatic Environment
53: (2018)
A Parallel Workflow Pattern Modeling Using Spiking Neural P Systems With Colored Spikes
54: (2018)
LncRNA-disease association prediction based on neighborhood information aggregation in neural network
55: (2018)
Special Issue: DNA Computing and Molecular Programming 2017-Selected papers from 2017 Conference/Special Issue: A Natural Computing Approach to Synthetic and Systems Biology Preface
56: (2018)
Structural Hole Spanner in HumanNet Identifies Disease Gene and Drug targets
3 Capítulos de libros
1: (2008)
Biomolecular computing devices in Synthetic Biology
2: (2008)
Grammar-Guided Genetic Programming
3: (2018)
An Implementation of Elementary Arithmetic with Virus Machine
2 Conferencias invitadas en congresos
1: (2013)
Biología Programable: 18 FAQs sobre Biología Sintética de un informático
2: (2015)
Biocircuits engineering and bio-design automation: some recent results
6 Cursos, seminarios y tutoriales
1: (2008)
Engineering Genetic Devices
2: (2010)
Computación biomolecular, un punto de encuentro entre la computación, la biología y la nanotecnología.
3: (2010)
Máster en Dirección y Gobierno de TIC
4: (2011)
Biochemical Signaling: a discrete simulation with Memory Enhancement
5: (2011)
Máster en Dirección y Gobierno de TIC (versión semi-presencial)
6: (2015)
Plaswires-Evoprog Summerschool
1 Libros
1: (2007)
Gestión del Conocimiento
1 Otras Publicaciones
1: (2012)
One-gene oscillators with a positive transcriptional feedback and a negative interaction
17 Ponencia en Congresos
1: (2007)
A Parallel DNA Algorithm Using a Microfluidic Device to Build Scheduling Grids
2: (2007)
On Flip-Flop Membrane Systems with Proteins
3: (2007)
Towards a Robust Biocomputing Solution of Intractable Problems
4: (2008)
Hopcroft’s Minimization Technique: Queues or Stacks?
5: (2010)
Inference with DNA molecules
6: (2011)
Autonomous Resolution Based on DNA Strand Displacement
7: (2011)
Biochemical Signaling: a discrete simulation with Memory Enhancement
8: (2011)
Simulating a Rock-Scissors-Paper Bacterial Game with a Discrete Cellular Automaton
9: (2011)
Spiking Neural P Systems with Several Types of Spikes
10: (2012)
One-gene oscillators with a positive transcriptional feedback and a negative interaction
11: (2012)
Probabilistic Reasoning with a Bayesian DNA Device Based on Strand Displacement
12: (2013)
Probabilistic Reasoning with an Enzyme-driven DNA Device
13: (2015)
A Preliminary Assessment of Three Strategies for the Agent-Based Modeling of Bacterial Conjugation
14: (2015)
BactoSim - An Individual-Based Simulation Environment for Bacterial Conjugation
15: (2016)
BioBlocks :A web-based visual environment for programming experimental protocols in biological sciences
16: (2017)
Iteratively collective prediction of disease-gene associations through the incomplete network
17: (2018)
An auxin hormone - signaling factors oscillator regulates time-dependent branching in the Arabidopsis root
Explotación de Resultados y Transferencia de Tecnología
2 Patentes
1: (2012)
DISPOSITIVOS DE ÁCIDOS NUCLEICOS PARA LA REALIZACIÓN DE INFERENCIA LÓGICA
2: (2012)
Dispositivos de ácidos nucleicos para la realización de inferencia lógica
• TOMA DE DATOS DE MEMORIAS Y CV
• UPM.ES
S2i 2021 Observatorio de investigación @ UPM con la colaboración del Consejo Social UPM
Cofinanciación del MINECO en el marco del Programa INNPACTO (IPT-020000-2010-22)
