Observatorio de I+D+i UPM

Memorias de investigación
Artículos en revistas:
Segmenting microarray images using a contour-based method
Año:2015
Áreas de investigación
  • Ciencias de la computación y tecnología informática
Datos
Descripción
In this work we describe a new segmentation technique for the Affymetrix microarray images. We prove that our method can offer better predictions on the gene levels as opposed to the standard Affymetrix segmentation implemented in the Affymetrix GeneChip Operating Software (GCOS). To check the accuracy and show the benefits of the new segmentation method we use a previously implemented methodology to simulate microarray images with realistic features. Using such an "artificial" image provides us with the actual levels for each spot and each gene investigated in the microarray. Using this information we then proceed to segment the same image twice (with GCOS and our new method). The two segmentations will produce two sets of gene levels that are then compared to the known gene levels (known since the moment of generating the "artificial" image). Using this methodology we are able to show statistically (using 50 replicates of the same steps of generating the image, segmenting, comparing the results) that in some cases our new method greatly outperforms the GCOS implemented segmentation method, while in the rest of the cases performs in similar fashion.
Internacional
Si
JCR del ISI
No
Título de la revista
Theoretical Computer Science
ISSN
0304-3975
Factor de impacto JCR
Información de impacto
Volumen
DOI
Número de revista
Desde la página
108
Hasta la página
118
Mes
SIN MES
Ranking
Esta actividad pertenece a memorias de investigación
Participantes
  • Autor: Paul Andrei Paun (UPM)
Grupos de investigación, Departamentos, Centros e Institutos de I+D+i relacionados
  • Creador: Grupo de Investigación: Grupo de Inteligencia Artificial (LIA)
  • Departamento: Inteligencia Artificial
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